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自然历史博物馆藏品中无损检测 的计算机断层扫描

2016年11月4日 | Dirk Steiner

在最近举办的“CT科学日”活动中,加州科学学院爬行动物学博士爱德华·斯坦利(Edward Stanley)博士探讨了研究人员如何利用计算机断层扫描技术研究爬行动物和两栖动物,并加强彼此间的合作。

“自然历史博物馆藏品的无损检测中的计算机断层扫描-1”

在最近举办的“CT科学日”活动中,加州科学院两栖爬行动物学博士爱德华·斯坦利(Edward Stanley)探讨了研究人员如何利用计算机断层扫描技术研究爬行动物和两栖动物,这种方法既能保护标本,又能促进合作。以下是他于2016年春季在美国俄亥俄州哈德逊市举办的教育视频研讨会中的演讲节选。感谢斯坦利博士的贡献。 ——编者按

一提到自然历史博物馆,你脑海中浮现的可能是那些不可思议地昂首挺立的恐龙、展示穴居人的场景模型,或是生机勃勃的森林和生物穹顶。又或者,你觉得那里是安置失业演员的好地方。世界各地的自然历史博物馆里确实都有各种各样的这类展品。 教育是博物馆承担的一项极其重要的职能,但实际上,在幕后,它们是名副其实的研究机构,并在众多不同领域的学术研究中发挥着重要作用。

自然历史博物馆都做些什么?

博物馆雇佣了许多像我这样的科学家来研究馆藏。博物馆与许多其他研究机构的不同之处在于,它们拥有历经数十年甚至数百年积累的标本收藏,这些收藏代表了地球上生命的样本,是一个实体的生物数据库。而且它们仍在持续进行这项工作。 因此,它们不仅拥有大量的头骨、皮毛、死鸟和化石,还保存着组织样本。如今,它们还保存着DNA样本,这是一项新能力。它们记录了历年来的考察活动,保存着采样地点信息和遗传数据,并且每天都在不断丰富这一知识体系。

这一庞大的生物信息库是一个不断扩充的自然历史信息来源。收集到的标本可以通过多种方式进行保存和制备。 许多昆虫会被风干,然后用针固定起来。这,正如人们所知,与达尔文那著名的蝴蝶收藏类似。通常,许多较小的脊椎动物和无脊椎动物会被浸泡在酒精中,以防止它们在瓶中腐烂。科学家们还会收集骨骼标本,特别是对于体型较大的标本。毕竟,根本没有足够大的瓶子能装下一头大象。而且,即使你能把一头大象装进一瓶酒精里,也没有人愿意把它从酒精瓶里拿出来研究,所以这样做毫无意义。这是一个极端的例子,说明了骨骼信息为何如此重要。因此,不同的动植物类群有各不相同的特殊制备要求。例如,鸟类通常被制成标本皮,这样就可以观察羽毛的颜色。

记录地球上的生命

许多自然历史博物馆藏品之所以存在,其根本原因在于收集、保护和分享与我们周围的世界以及整个宇宙相关的数据和信息。但就我们所研究的具体对象而言,这实际上与由动植物组成的“生命之树”密切相关。

当我们研究动植物时,我们试图揭示万物如何相互契合、如何相互关联,以及动物之间或动物与其他生物之间如何相互作用。这是对生物多样性的描述,包括它们的差异与相似之处,并有助于理解地球上生命的发展历程。因此,这些自然历史收藏的规模之大、种类之丰富,往往令人叹为观止。 例如,位于纽约的美国自然历史博物馆虽然不是北美最大的博物馆,但却是规模较大的博物馆之一。馆内收藏了2400万件无脊椎动物标本(2400万件无脊椎动物标本)、450多万件化石、200万条鱼类、100万只鸟类,以及爬行动物、两栖动物、哺乳动物、民族志和考古文物,还有矿物和陨石。 该机构拥有来自世界各地、可追溯至数百年前的庞大且种类繁多的标本。如今,其收藏中还包括一个正在迅速扩充的DNA组织样本库。

人们会将这些样本用于什么用途呢?事实证明,这些数据的应用范围非常广泛。传统上,博物馆藏品主要用于描述新物种、研究动物群体的内部变异,或是观察捕食行为。科学家们还会研究形态学以及不同群体间的变异。遗憾的是,如今只有在博物馆里才能见到旅鸽的身影。 它们曾经非常常见,在北美曾有数十亿甚至上百亿只,如今却已灭绝。最终,研究人员会发现一些非常酷且出人意料的应用,这些应用在采集标本时是无人能预见的。以壶菌为例。这是一种正在全球范围内导致大量两栖动物灭绝的疾病。这种全球性的两栖动物数量锐减是一个真正的问题。 虽然我们尚不清楚这种真菌的来源和爆发时间,但通过查阅博物馆的收藏,研究人员可以对来自世界各地、距今10年、20年甚至100年的博物馆标本进行拭子采样和检测,以确认其中是否存在这种真菌。我们实际上可以通过检测来查明这种真菌的起源地,以及它的传播路径。

就像《侏罗纪公园》一样?

博物馆的馆藏始终处于被利用的状态;人们从世界各地前来研究这些藏品,标本也被送往世界各地。这固然很好,而且这种情况已经持续了很长时间,但借助CT扫描技术,我们能够为自然历史博物馆的馆藏开辟一个全新的可能性领域。

例如,我们在琥珀中发现了一些距今约1亿年的标本。这让我们非常兴奋,因为这些是迄今为止被困在琥珀中的最古老的蜥蜴之一,而且数量众多,种类极其丰富。 我们用普通显微镜观察了它们,当时心想:“哇,这挺酷的,我们似乎能看清一些细节。”随后又觉得:“嗯,这些大概是壁虎,或者……其他什么东西吧。”

YXL_蜥蜴琥珀

随后,我们利用计算机断层扫描技术对无损检测 。CT扫描确实让我们能够深入观察并获取大量细节;借助软件,我们还能对特定区域进行“解剖”分析。我们甚至能观察到一亿年前动物眼球中的硬化环——这实在令人惊叹。这简直就像电影《侏罗纪公园》里的场景一样!

CT 促进协作

借助CT扫描数据,我们还制作了其中一些动物的3D打印模型,以便与其他研究人员分享。分享这些信息的应用前景非常广阔。CT扫描将使博物馆能够以数字形式即时与公众分享信息。此外,它还能促进全球范围内的广泛合作,让不同地区的研究人员能够同时对同一只动物进行研究。 对每位研究人员而言,该3D模型实际上在所有方面都是该动物的精确复制品。此外,还有许多网站致力于此类数据的在线存储,使其成为一种在线资源。随着越来越多的研究人员发现计算机断层扫描的优势,这一趋势只会不断加速。

YXL_视频_爱德华_蜥蜴_视频截图

数字“解剖”保存标本

当我们对样本进行数字化处理时,实际上是在对体素区域进行切片,并将它们分配到特定的区域,随后我们可以将这些区域视为独立的对象。然后,我们可以添加密度梯度,更改与密度相关的颜色,甚至调整透明度。 我们可以创建不同的体积模型,并让它们彼此独立地进行关节运动。例如,对于一个下颌骨与上颌骨融合在一起的固定标本,我们实际上利用软件对下颌骨进行了关节运动模拟,通过移动下颌骨来模拟其与上颌骨的咬合情况。对于琥珀中的蜥蜴标本,我们也采用了同样的方法;在重建头骨时,我们通过数字技术将其重新拼接在一起。所有这些操作都可通过CT技术实现。

最后,还有教育方面的应用。一旦这些标本被广泛展示,你可以想象它们在教授进化论、生物多样性以及其他各种知识时将发挥怎样的作用。 例如,如果你能获得标本的数字CT重建图像,或者基于这些图像制作的3D打印模型,试想一下在课堂上学习趋同进化时的场景。以翅膀的进化为例,学生无需在书中阅读相关知识,而是可以亲手拿着鸟类、蝙蝠和翼龙的翅膀,直接比较它们同源的骨骼结构。这确实令人叹为观止。

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